अनुसंधान निदेशालय (डीओआर), कृषि विश्वविद्यालय, बोरखेरा, कोटा में स्थित है। यह वांछित अनुसंधान लक्ष्यों को प्राप्त करने, संसाधन जुटाने व बढ़ाने और राज्य के संबंधित विभागों, आईसीएआर और देश के अन्य अनुसंधान एवं विकास संगठन के साथ घनिष्ठ संपर्क बनाए रखने में प्रभावी भूमिका निभाता है। । अनुसंधान निदेशालय की प्रमुख भूमिका कृषि अनुसंधान केंद्र और कृषि अनुसंधान उपकेन्द्रों  को एक व्यवस्थित और समन्वित दृष्टिकोण प्रदान करना है। कृषि-जलवायु क्षेत्र - V में प्रमुख अनुसंधान कार्य, अनुसंधान निदेशालय के समग्र मार्गदर्शन और पर्यवेक्षण के तहत कृषि अनुसंधान केंद्र, कृषि अनुसंधान उपकेन्द्रों और विश्वविद्यालय के महाविद्यालयो  में किया जा रहा है।

डीओआर का नेतृत्व निदेशक अनुसंधान करते हैं, उनके पास अनुसंधान कार्य की योजना बनाने, समन्वय करने, निगरानी करने और मूल्यांकन करने में सहायता के लिए विभिन्न विषयों से आए वैज्ञानिकों की एक टीम है। कृषि अनुसंधान केंद्र, कोटा  पर की जा रही अनुसंधान गतिविधियों का समन्वय क्षेत्रीय निदेशक अनुसंधान द्वारा किया जाता है। अनुसंधान के अलावा, डीओआर यांत्रिकी कृषि फार्म, कृषि अनुसंधान केंद्र, कोटा, कृषि अनुसंधान उपकेन्द्र,अकलेरा और खानपुर और विश्वविद्यालय के सभी कृषि विज्ञान केन्द्रों पर बीज उत्पादन में भी लगा हुआ है।

अधिदेश:

• आवश्यकता आधारित कृषि अनुसंधान की योजना बनाना, समन्वय करना और निगरानी करना।
• टिकाऊ उत्पादन के लिए उपयुक्त उत्पादन प्रौद्योगिकियों का विकास करना।
• बीज उत्पादन कार्यक्रम का समन्वय एवं निगरानी करना।
• विभिन्न पहलुओं पर अनुसंधान के लिए राष्ट्रीय और अंतर्राष्ट्रीय संगठनों के साथ संबंध विकसित करना।
• परामर्श सेवाओं का विस्तार करना।

प्रमुख अनुसंधान कार्य कृषि अनुसंधान केंद्र, उपकेंद्र  और उद्यानिकी एवम वानिकी महाविद्यालय (सी.एच.एंड एफ.), झालावाड़ में किया जा रहा है।